Alle fuglearter kan rammes af fugleinfluenza, men der er store variationer i de forskellige fuglearters følsomhed med hensyn til at udvikle symptomer på sygdommen. Kalkuner og høns er de mest følsomme, mens vandfugle generelt er langt mere modstandsdygtige.
Fugleinfluenza forårsages af vira af familien Orthomyxoviridae, slægten influenzavirus A. Influenza A-virus inddeles i undertyper på baggrund af deres H- og N-antigener. På nuværende tidspunkt kendes der 16 H-undertyper (H1–H16) og 9 N-undertyper (N1–N9). Et influenza A-virus har 1 H-antigen og 1 N-antigen; alle kombinationer er tilsyneladende mulige. De mest sygdomsfremkaldende er fundet i undertyperne H5 og H7. Influenza A-virus er også fundet hos mennesker, heste, svin og enkelte andre pattedyr.